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產品介紹

百創S1000(BMKMANU S1000)是由百邁客生物自主設計并研發而來的國內首款基于微孔微珠上Spatial Barcode實現對組織切片mRNA分子捕獲的亞細胞級空間轉錄組芯片。百創S1000可以廣泛應用于生物器官發育、神經科學、免疫感染、脅迫應激、生物遺傳進化等生命科學領域的研究。

百創S1000優勢

亞細胞分辨率

哺乳動物體細胞平均直徑為10μm,百創S1000空間轉錄芯片分辨率達到了4.8μm,到達亞細胞級別。

多級分辨率調整

百創S1000空間轉錄芯片結果支持從100μm-4.8μm動態調整。

保留HE染色

百創S1000空間轉錄芯片保留原片HE染色,結合高分辨率的spots聚類,能得到更為精準的結果。

捕獲區域靈活定制

百創S1000空間轉錄芯片支持1-8個捕獲區域的靈活訂制。

更好兼容Nanopore三代數據

Nanopore有效拆分了接近50%。

Nmuber?of?Reads Number?of?Base Reads?with?Valid?Barcode Bases?with?Valid?Barcodes N50 Bases?Mapped?to?Transcriptome?And?with?Valid?Barcode
105,553,898 70,516,281,320 73.85% 73.42% 740 49.55%

 

二代與三代數據的UMI/Gene counts per spot的相關性還是tSEN/UMAP的降維聚類,都顯示具有非常高的一致性。這充分說明百創S1000-Nanopore全長轉錄組產品完全可以獨立進行數據的拆分與挖掘分析,無需依賴NGS數據的校正。

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UMI counts per spot
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Gene counts per spot

技術原理

在6.8mm * 6.8mm的捕獲區域內有約220萬個直徑2.5μm的微孔,將布滿oligo(R1+Spatial Barcode+UMI+poly(dT)VN)直徑2.5μm的微球隨機嵌入到微孔之中,形成陣列,相鄰兩個微珠的中心距離為4.8μm。Spatial barcode 種類有為5600萬種,提供了更為長的sptail barcode長度,約為70bp,這能更好的兼容三代測序,能大幅提高nanopore數據的BC識別效率。

技術流程

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百創S1000部分實測數據

實例一:大鼠胚胎組織

百創S1000分辨率最高可達到4.8μm,相比目前主流空間轉錄組測序芯片精度提高了近400倍,高分辨率下HE染色組織形態學與spots聚類空間分布圖重合度更高,可以更加精準識別空間基因表達的異質性和組織區域的特異性。

 

百創S1000芯片spot直徑為2.5μm, 可針對組織亞群在多級分辨率下再聚類分群,高分辨率下組織區域聚類結果增多。

實例二:百創S1000-Nanopore三代全長

可變剪切分析

融合基因分析

實例三:百創S1000在不同樣本中的實測結果

經過不斷地研發測試,百創S1000以完成多項樣本測試,實測數據也表明百創S1000在廣泛樣本上都擁有較好的表現。

產品組成

產品主要由三套試劑盒組成:

  • (1)組織透化試劑盒
  • (2)基因表達試劑盒
  • (3)芯片試劑盒

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