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LncRNA測序

產品介紹

長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一類轉錄本長度超過200nt、不編碼蛋白的RNA。利用新一代高通量測序技術進行lncRNA測序,并結合生物信息學的預測工具進行lncRNA分析,有助于科研工作者更快發現那些具有重要調控功能的lncRNA,分析其與特定生物學過程的關系。該方法可以更加高效地獲取lncRNA序列以及位置信息,且突破了常規lncRNA芯片檢測技術的使用范圍限制,還可對新的lncRNA進行預測及功能分析,極大促進lncRNA的深入研究。

結果展示

lncRNA預測

lncRNA的預測包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。百邁客綜合目前應用最廣泛的編碼潛能分析方法對候選lncRNA進行進一步的篩選,主要包括:CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結構域分析四種方法,目前采取逐級篩選的方法,最終鑒定得到的noncding transcripts用于后續lncRNA分析。為直觀展示分析結果,將4種分析軟件逐級篩選后的lncRNA進行統計,做維恩圖。

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lncRNA分類

經過四種軟件預測篩選后,對最終得到lncRNA種類及占比情況進行統計,根據lncRNA相對于附近編碼基因的位置將其分為lincRNA、Antisense-lncRNA、Intronic-lncRNA、sense_lncRNA這4類lncRNA,這些lncRNA對編碼基因的調控方式不同。lincRNA更可能通過順式方式干擾轉錄。Antisense-lncRNA可能在轉錄水平調控基因表達。

差異表達lncRNA靶基因富集

在生物體內,不同的基因產物相互協調來行使生物學功能,對差異表達lncRNA反式靶基因的注釋分析有助于進一步解讀基因的功能。KEGG數據庫是關于Pathway的主要公共數據庫,GO數據庫分類總結了基因的生物學功能,對差異表達lncRNA靶基因在KEGG、GO數據庫中的注釋結果進行富集分析。

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lncRNA與mRNA差異表達交互式分析

lncRNA與mRNA在不同比對分析組合中的表達情況間接的表現了lncRNA和mRNA在某一生物時間段的表達關系,對差異表達lncRNA和mRNA表達量和在染色體上的分布的交互式分析,繪制相應的火山圖和MA圖。

成功案例

公司成立多年以來,擁有豐富的項目分析經驗,累計完成1千多個樣品的lncRNA項目研究,物種涉及廣泛,包括人鼠、動物、植物常見的組織部為及細胞樣本。公司擁有 40 余項專利技術和 150 余項軟件著作權,根據項目需要選擇方案,保障結果精準。

LncRNA測序對于樣本有什么要求?

答:LncRNA測序產品可以對動植物、全血、細胞等組織或者核酸樣本進行測序,分析要求需要有對應物種的參考基因組,具體的送樣指導,請參考如下內容:

LncRNA有哪些主要功能?

答:LncRNA的主要功能有:干擾下游基因的表達;干擾mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;與編碼蛋白基因的轉錄本形成互補雙鏈,在Dicer酶的作用下產生內源性siRNA;作為小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前體分子。

Q3.如何進行LncRNA的鑒定?

答:lncRNA的預測包含基本篩選和潛在編碼能力篩選兩部分。
(1)篩選長度≥200bp,Exon個數≥2,FPKM≥0.1的轉錄本序列進行后續編碼潛能預測;
(2) 應用主流的CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白結構域分析四種方法對基本篩選獲得的轉錄本進行編碼潛能預測,保留不具編碼潛能的轉錄本序列,四種方法取交集即為最后預測出的LncRNA。

Q4.如何對lncRNA進行靶基因預測?

答:基于lncRNA與其靶基因的作用方式,我們采用2種預測方法進行lncRNA的順式靶基因和反式靶基因進行預測:
第一種,lncRNA調控其鄰近基因的表達,主要根據lncRNA與gene的位置關系預測,lncRNA 100kb范圍內的鄰近基因為其順式靶基因;
第二種,當樣本數目比較多時,通過樣本間 lncRNA 與 mRNA 的表達量相關性分析方法來預測 lncRNA的反式靶基因。

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從選材到后續研究內容相關信息的挖掘,整個流程嚴謹進行,全程跟蹤。

  • 實驗設計

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