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CircRNA測序

產品介紹

 

環狀RNA(circRNA)是一類特殊的非編碼RNA分子,也是RNA領域最新的研究熱點。與傳統的線性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封閉環狀結構,不受RNA外切酶影響,表達更穩定,不易降解。近幾年的研究表明,circRNA在生物的生長發育、對外界環境的抵御等方面具有重要的調控作用。CircRNA功能眾多,可作為miRNA的海綿,競爭性結合miRNA,發揮ceRNA的調控功能,調控基因表達。近年來還發現與疾病的發生和發展密切相關,在疾病診斷標記物等方向具有很大的應用前景。

 

分析內容

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多種標準化和個性化分析

標準數據分析:與參考基因組對比、circRNA來源基因分析、預測circRNA、circRNA表達水平分析

高級數據分析:circRNA-miRNA互作分析、互作網絡圖繪制、ceRNA分析、WGCNA分析

結果展示

circos分析

我們會對CircRNA在基因組上的分布作統計分析,并用circos圖呈現出各個樣品CircRNA表達量。circos圖清晰展示出不同樣品某位點環狀RNA剪接穩點的數量及junction reads覆蓋深度。

差異CircRNA來源基因注釋

生物體內,在特定條件下某些基因對應的轉錄本會形成環狀RNA,失去編碼功能,從而影響生物學表型。因此,針對circRNA的來源基因分別進行GO和KEGG注釋及富集分析,有助于深入挖掘circRNA功能。

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CircRNA預測

百邁客綜合目前應用最廣泛的CircRNA預測軟件對環狀RNA成環的剪接位點進行預測,候選CircRNA的剪接位點兩側存在GU/AG。相同染色體上來源基因起止位點相同即為同一CircRNA。多個樣品取并集得到的所有CircRNA用于后續分析。并且將CircAtlas數據庫作為ircBase數據庫的補充,使常見物種的已知circRNA鑒定的結果更加完善,更加豐富。

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差異CircRNA聚類分析

聚類分析用于判斷差異基因在不同實驗條件下的表達模式,可通過將表達模式相同或相近的基因聚集成類,從而識別未知基因的功能或已知基因的未知功能,同類基因可能具有相似的功能或共同參與同一代謝過程。對篩選出的差異表達CircRNA做層次聚類分析,將具有相同或相似表達行為的CircRNA進行聚類。

?成功案例

公司成立多年以來,擁有豐富的項目分析經驗,累計完成近千個樣品的circRNA項目研究,物種涉及廣泛,包括人鼠、動物、植物常見的組織部為及細胞樣本。公司擁有 40 余項專利技術和 150 余項軟件著作權,根據項目需要選擇方案,保障結果精準。

常見問題

沒有參考基因組是否能做CircRNA呢?

答:在CircRNA預測時,測序clean reads需要與參考基因組比對,得到準確的成環剪接位點(breakpoint);如果沒有參考基因組或者只有無參轉錄組得到的Unigene,可能會由于拼接錯誤等造成CircRNA預測不準確,所以為了得到準確的分析結果,需要選擇有參考基因組物種進行分析。

CircRNA的成環機制都有哪些?

答:CircRNA的成環機制有:套索驅動的環化;內含子配對驅動的環化;內含子環化;RBP或一類反式因子驅動的環化;可變剪接引起的環化。

circRNA測序對于樣本有什么要求?

答:circRNA測序產品可以對動植物、全血、細胞等組織或者核酸樣本進行測序,分析要求需要有對應物種的參考基因組,具體的送樣指導,請參考如下內容:

circRNA主要的作用機制?

1、作為miRNA分子的海綿 ,circRNA含有大量的miRNA結合位點,具有miRNA海綿作用,進而間接調控miRNA下游靶基因的表達。
2、circRNA調控其親本基因的表達,circRNA在轉錄后和基因表達調控中起著舉足輕重的作用。已有結果表明,circRNA可以增強其親本基因的轉錄。
3、circRNA與RNA結合蛋白互作,些環狀RNA上有一個或者多個RNA結合蛋白的結合位點,可作為蛋白分子的海綿體。
4、編碼功能 ,circRNA雖然屬于非編碼RNA,但是也有少數circRNA可以編碼多肽,通過編碼多肽行使調控功能。

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