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細菌完成圖

基因組完整組裝

細菌基因組完成圖技術介紹

細菌基因組完成圖基于Illumina二代測序以及PacBio/Oxford Nanopore三代測序平臺,實現基因組的完整組裝,獲得全面豐富的基因組信息,從而可在致病性、耐藥性、環境適應性、代謝途徑等多角度進行功能基因的深入挖掘,對微生物不同表型等特性進行深層次研究。

產品 測序策略 指標 周期
 

細菌基因組完成圖

Illumina?50X?+?ONT?100X  

0?gap

 

31個自然日

Pacbio HIFI 30X

實驗設計到信息分析的解決方案

提供方案設計到售后服務整的細菌基因組研究策略,全面豐富的標準分析以及個性化多角度解決微生物生物學意義。

  • 方案確定

  • 提取檢測

  • 建庫測序

  • 信息分析

  • 售后服務

技術策略與送樣要求

  • 二代測序深度: ≥50x、
  • 三代測序深度: ≥100x、承諾指標細菌完成圖 0gap
  • DNA送樣: DNA濃度 ≥20ng/μl(Qubit),DNA質量≥3ug(Qubit)DNA電泳條帶單一,無明顯降解。
  • 菌體送樣: 收集生長對數期菌體,收集離心菌體數3×10的9次方個,與無菌離心管中,液氮速凍干冰運輸。

取樣方法 保存及運輸
細菌菌體

  1. 顯微鏡下觀察細菌生長狀態,收集處于對數期的細菌。
  2. 轉移適量體積的培養液(含有約3~4.5×109?細胞)到1.5ml或2ml尖底離心管中(注意冰上操作)。
  3. 14000?×g?離心1?min收集菌體,小心棄掉培養基(要去除干凈)。
  4. 迅速將離心管蓋緊管蓋,投入液氮中速凍(半小時以上),轉移到-80℃冰箱保存
 

 

-80℃冰箱保存,干冰運輸

數據質控

細菌完成圖三代測序數據下機后,對原始的下機數據(Raw?reads)經過數據過濾,可得到高質量測序數據(subreads)用于后期拼接組裝分析。

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基因組圈圖

利用已預測得到的基因組信息,如重復序列、GC含量等,應用軟件Circos繪制基因組圈圖。Circos可視化基因組,可以更清晰的探索基因組組件或位置之間的關系。

GO注釋分析

利用預測得到的基因序列與GO功能數據庫做blast比對,可以對細菌基因和蛋白質進行限定和描述。通過GO分析,可以把基因按照其參與生物學過程、構成細胞的成分和實現的分子功能等進行分類。

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4

進化樹分析

使用基因家族分析中的單拷貝基因家族中的單拷貝基因(物種之間一一對應的直系同源基因)構建超級基因序列,利用phyML軟件構建物種系統進化樹,從而展現物種間的進化親緣關系。

特有基因代謝通路分析

通過共有和特有基因分析,某個物種特有的基因常與該物種特有的環境或者進化過程相關,分析物種特有的基因也可能可以解釋物種特有的生命特征。在通用數據庫注釋部分已經對測序菌株的所有基因進行了詳細的功能注釋。

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成功案例

1、細菌基因組完成圖為什么要測二代數據?

答:細菌基因組會有100x的二代測序,其一,二代數據組裝檢測細菌樣品是否有雜菌污染,其二,二代數據用于三代數據糾錯。從而得到完整準確的細菌基因組。

2、細菌基因組完成圖是否可以組裝出質粒?

答:細菌細胞內一般會純在部分質粒,細菌基因組完成圖可以組裝出部分質粒信息,但是由于建庫的長度以及質粒的數量限制,不保證完全組裝出所有質粒。

3、細菌基因組測序中比較基因組分析是什么?

答:細菌基因組比較基因組分析,主要是分析有親緣關系的細菌基因之間的差別,通過比較基因組分析親緣遠近關系,特有和共有基因以及共線性分析等,找到差異基因,對差異基因進行功能注釋,解析近緣關系細菌間生理或形態差別的原因。

產品優勢與項目經驗

項目10000+

項目經驗豐富,完成微生物基因組項目10000+

雙平臺

ONT、Pacbio雙平臺,提供多種測序方案

售后服務

專業的售后服務體系,完善的微生物數據挖掘培訓班,省時、省心、省力

高水平分析團隊

豐富的項目經驗

全面的分析內容

專業的售后服務

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